對膜件的清洗一般分為物理清洗和化學清洗兩種，而化學清洗的頻次越高，對膜件的損傷越大，嚴重影響了膜系統(tǒng)的使用壽命。所以，相關(guān)技術(shù)人員很難掌握好膜系統(tǒng)的化學清洗。膜清洗頻率與預處理措施的完善程度是緊密相關(guān)的。
預處理越完善，清洗間隔越長；反之，預處理越簡單，清洗頻率越高。一般膜清洗是遵循（10%法則）——當校正過的淡水流量與較初200h運行（壓緊發(fā)生之后）的流量之比，降低了10%和（或）觀察到壓差上升了10%~20%就需進行清洗.
盡可能在脫鹽率下降顯示出來以前采取措施。正規(guī)安排的保護性維護清洗不足以保護反滲透系統(tǒng).反沖洗對于防止大顆粒對某些形式反滲透膜模件的堵塞是有效的。但不是所有的污染都可通過簡單的反沖洗就能清除除掉，還需要有周期的化學清洗�；瘜W清洗除需增加藥劑和人工費用外，還有個污染問題，所以也不可過頻繁，每月不應超過1~2次，每次清洗時間約1~2h。
化學清洗系統(tǒng)通常包括一臺化學混合箱和與之相配的泵、混合器、加熱器等�；瘜W清洗常是根據(jù)運行經(jīng)驗來決定。 化學清洗所用的藥劑和方法，需根據(jù)污染源來決定。下表可供參考，但更應重視和應用本單位的經(jīng)驗。為了保證效果，在化學清洗前要進行沖洗。沖洗前先降壓，再用2~3倍正常流速的進水沖洗膜，靠流體的攪動作用將污物從膜面從膜面剝離并沖走。然后針對污染特征，選擇清洗液對膜進行化學清洗。為了保護反滲透模件，液溫較好不超過35·C。 系統(tǒng)若停用5天以上，較好用甲醛沖洗后再投用。
